Điều 51 Luật Thanh tra năm 2010 quy định thẩm quyền ra quyết định thanh tra chuyên ngành và phân công Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra độc lập như sau:

1. Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra sở, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành ra quyết định thanh tra và thành lập Đoàn thanh tra để thực hiện quyết định thanh tra. Khi xét thấy cần thiết, Bộ trưởng, Giám đốc sở ra quyết định thanh tra và thành lập Đoàn thanh tra.

2. Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra độc lập theo sự phân công của Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra sở, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành.

Trong trường hợp phân công Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra độc lập thì Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra sở, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành phải xác định rõ phạm vi, nhiệm vụ, thời hạn tiến hành thanh tra.

Khi tiến hành thanh tra độc lập thì Thanh tra viên phải xuất trình thẻ thanh tra; người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành phải xuất trình thẻ công chức.