Bên cạnh những kết quả đạt được, còn một số tồn tại hạn chế cần khắc phục trong thời gian tới. Cụ thể: Chất lượng tham mưu của từng công chức chưa đồng đều; một số việc còn chậm so với yêu cầu đề ra; việc ứng dụng CNTT vào hoạt động của đơn vị còn chậm. Ngoài ra, một số khó khăn vướng mắc trong công tác tổ chức, cán bộ như: tổ chức và hoạt động thanh tra theo Luật Thanh tra hiện hành còn nhiều bất cập; công tác đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra chưa đáp ứng được cả về số lượng và chất lượng; thực trạng biên chế công chức chuyên môn nghiệp vụ còn thiếu; việc kiện toàn đội ngũ cán bộ tại chỗ chưa được quan tâm đúng mức...

Phát biểu kết luận, Tổng Thanh tra Chính phủ Lê Minh Khái nhấn mạnh công tác tổ chức cán bộ là công tác quan trọng đóng vai trò quyết định đến chất lượng việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của một đơn vị, tổ chức; chính vì vậy để làm tốt công tác tổ chức, cán bộ thì người cán bộ phải gương mẫu, trong sạch, công tâm, khách quan. Trong năm qua, Tổng Thanh tra biểu dương những thành tích mà Vụ đã làm được, hoàn thành tốt nhiêm vụ trên các mặt công tác. Bên cạnh đó, Tổng Thanh tra Chính phủ yêu cầu trong thời gian tới, Vụ TCCB tiếp tục tham mưu với lãnh đạo TTCP  về kế hoạch nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ công chức; đổi mới công tác quy hoạch, tuyển dụng, chuyển đổi vị trí công tác, đánh giá cán bộ phải đảm bảo công tâm, khách quan, minh bạch; rà soát quy chế làm việc cũng như chức năng nhiệm vụ của các cục, vụ, đơn vị, tham mưu điều chỉnh để quản lý tốt hơn; công tác đào tạo, bồi dưỡng cần được quan tâm một cách đúng mực; đẩy nhanh việc quy hoạch cán bộ dựa vào các tiêu chí đã được quy định, sớm trình kế hoạch rà soát bổ sung quy hoạch từ cấp vụ trở lên./.