Tuy nhiên, bên cạnh kết quả đạt được, quá trình tổ chức thực hiện thu thuế đối với hoạt động này còn gặp nhiều khó khăn, vướng mắc, chưa đạt hiệu quả cao. Các đối tượng nộp thuế còn thiếu hợp tác với cơ quan thuế trong việc cung cấp thông tin về hoạt động xây dựng đối với bên nhận thầu; cá nhân nhận thầu xây dựng mặc dù đã được cơ quan thuế hướng dẫn trách nhiệm, nghĩa vụ thuế nhưng vẫn cố tình trì hoãn, né tránh không thực hiện nghĩa vụ kê khai nộp thuế, tạo ra tình trạng thất thu ngân sách nhà nước. Chính quyền các huyện, thị xã, thành phố; các xã, phường, thị trấn nơi quản lý trực tiếp các hộ gia đình có xây dựng nhà ở chưa thực sự quan tâm đến công tác thu thuế đối với hoạt động thầu xây dựng nhà tư nhân, do đó mức độ đóng góp vào ngân sách trong lĩnh vực này chưa tương xứng với thực tế và tiềm năng của địa phương.
Để tăng cường quản lý thuế đối với hoạt động xây dựng và chống thất thu ngân sách nhà nước ở lĩnh vực này, chấp hành đúng pháp luật về thuế, ngày 01/6/2019, Chủ tịch UBND tỉnh ban hành Công văn số 3441/UBND-TC yêu cầu:
- Cục Thuế tỉnh hướng dẫn cụ thể các thủ tục kê khai về thuế của các tổ chức và cá nhân kinh doanh có hoạt động xây dựng, vừa đảm bảo được công tác quản lý nhà nước về xây dựng vừa quản lý thu đúng, thu đủ và kịp thời thuế trong hoạt động xây dựng. Chỉ đạo các Chi cục Thuế tăng cường phối hợp với các cơ quan ban ngành trong công tác quản lý thuế đối với các tổ chức, cá nhân có đăng ký kinh doanh hành nghề xây dựng; thường xuyên kiểm tra, xác định đầy đủ, chính xác doanh thu của từng tổ chức, cá nhân trong hoạt động xây dựng, làm cơ sở tính thuế và tổ chức thu thuế kịp thời vào ngân sách nhà nước.
- Chủ tịch UBND tỉnh yêu cầu UBND thành phố Huế, các thị xã và các huyện chỉ đạo các Phòng, ban và UBND xã, phường, thị trấn phối hợp tổ chức quản lý thu thuế đúng, đầy đủ, kịp thời đối với các tổ chức, cá nhân có kinh doanh hành nghề xây dựng đúng quy định của pháp luật. Xử lý nghiêm đối với các đối tượng hành nghề xây dựng mà không thực hiện đăng ký kinh doanh, không kê khai nộp thuế hoặc gian lận về thuế trong hoạt động xây dựng.
Có biện pháp chỉ đạo cơ quan cấp phép kinh doanh và các cơ quan chức năng thuộc phạm vi quản lý kiểm tra, kiểm soát các nhà thầu xây dựng hoạt động không có giấy phép để xử lý theo quy định của pháp luật và yêu cầu phải đăng ký kinh doanh và kê khai đăng ký thuế.
Chỉ đạo cơ quan cấp phép xây dựng trực thuộc định kỳ hàng tháng gửi thông báo danh mục công trình, tên chủ hộ (chủ đầu tư) đã được cấp giấy phép xây dựng trong tháng cho Chi cục Thuế (Cục Thuế) nơi có công trình xây dựng để quản lý thu thuế.
- Sở Thông tin và Truyền thông, Đài Phát thanh và Truyền hình tỉnh căn cứ chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp với Cục Thuế tỉnh để thông tin, tuyên truyền, vận động sâu rộng nội dung về nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xây dựng đến các tổ chức, cá nhân kinh doanh và mọi tầng lớp nhân dân được biết và chấp hành tốt việc đăng ký, kê khai, thực hiện nghĩa vụ nộp thuế; kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý các hành vi gian lận, trốn thuế làm thất thu ngân sách nhà nước.