Việc phối hợp được thực hiện thông qua các phương thức như cử công chức phối hợp, trao đổi trực tiếp; tổ chức cuộc họp; cung cấp thông tin, tài liệu bằng văn bản nhưng phải bảo đảm phát huy vai trò, trách nhiệm của mỗi cơ quan, đề cao sự phối hợp, trao đổi thông tin trong giải quyết công việc trên cơ sở bình đẳng, không làm ảnh hưởng đến việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của hai cơ quan; bảo đảm nguyên tắc độc lập, tuân thủ pháp luật và trung thực, khách quan trong hoạt động  thanh tra, kiểm toán

Theo nội dung Quy chế, chậm nhất vào ngày 15/11 hàng năm, trước khi ban hành Kế hoạch kiểm toán và Kế hoạch thanh tra, Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ gửi dự thảo Kế hoạch kiểm toán và Kế hoạch thanh tra của năm tiếp theo cho nhau để trao đổi ý kiến. Trường hợp Kế hoạch kiểm toán, Kế hoạch thanh tra có sự trùng lắp về đơn vị được kiểm toán, đối tượng thanh tra, Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ phối hợp để thống nhất xử lý phù hợp với tình hình thực tế của từng cơ quan. Bên cạnh đó, trường hợp cần thiết, Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Chính phủ có thể trao đổi, sử dụng kết quả kiểm toán, thanh tra thể hiện trong Báo cáo kiểm toán, Kết luận thanh tra để làm căn cứ xem xét, đánh giá việc tuân thủ chính sách, pháp luật của đơn vị được kiểm toán, đối tượng thanh tra. Cơ quan sử dụng kết quả đã được kết luận chính thức qua hoạt động kiểm toán, thanh tra phải tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng kết quả kiểm toán, thanh tra.

Tổng Kiểm toán Nhà nước Nguyễn Hữu Vạn và Tổng Thanh tra Chính phủ Huỳnh Phong Tranh phát biểu tại Lễ ký Quy chế 
 

Phát biểu tại Lễ ký, Tổng Thanh tra Chính phủ Huỳnh Phong Tranh nhấn mạnh ý nghĩa và tầm quan trọng của việc ký kết Quy chế phối hợp công tác và coi đây là dấu mốc quan trọng mới, phát huy mối quan hệ tốt đẹp, nâng cao hiệu quả hoạt động của hai cơ quan. Tổng Kiểm toán Nhà nước Nguyễn Hữu Vạn cho rằng, việc ký Quy chế phối hợp giữa hai cơ quan không ngoài mục đích khắc phục sự trùng lắp, không phiền hà tới đơn vị kiểm toán, đối tượng thanh tra, đồng thời vẫn đảm bảo trách nhiệm quản lý tài chính, tài sản chung của Nhà nước và đạt được mục tiêu của từng cơ quan;  trường hợp Kế hoạch kiểm toán, Kế hoạch thanh tra có sự trùng lắp về đơn vị được kiểm toán, đối tượng thanh tra, Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ phối hợp để thống nhất xử lý cho phù hợp với tình hình thực tế và nhiệm vụ của từng cơ quan.