Bên cạnh những ưu điểm đạt được, Sở Công thương vẫn còn một số hạn chế, thiếu sót và sai phạm ở những mức độ khác nhau trên các các lĩnh vực: Chấp hành pháp luật về phòng, chống tham nhũng, thực hiện tiết kiệm chống lãng phí, việc chuyển đổi vị trí công tác của cán bộ, công chức, viên chức; Về thực hiện pháp luật kế toán thống kê vẫn còn hiện tượng thanh quyết toán một số khoản chi không bảo đảm về hóa đơn, chứng từ theo quy định, số dư tạm ứng lớn của các năm trước chưa thu hồi triệt để, thanh toán làm thêm giờ vượt quy định. Trung tâm Tư vấn công nghiệp và Tiết kiệm năng lượng mua sắm xe ô tô tùy tiện khi chưa được phép của cấp có thẩm quyền; Về chấp hành pháp luật về đầu tư xây dựng, hồ sơ, thủ tục pháp lý của công trình chưa đầy đủ, nghiệm thu vượt khối lượng giá trị thực tế thi công đối với công trình Cải tạo, nâng cấp trụ sở làm việc của Sở Công thương,…

Trên cơ sở kết quả thanh tra, căn cứ các quy định của pháp luật, Chánh Thanh tra tỉnh ban hành quyết định xử lý thu hồi nộp vào ngân sách Nhà nước số tiền 47.666.595 đồng của các doanh nghiệp do vi phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, về nghiệm thu, thanh quyết toán. Kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh Thừa Thiên Huế chỉ đạo các Sở, ban ngành có liên quan tiến hành kiểm điểm trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có những thiếu sót, sai phạm đã được chỉ ra tại Kết luận thanh tra. Yêu cầu Giám đốc Sở Công thương niêm yết công khai Kết luận thanh tra tại Văn phòng Sở, tiến hành chỉ đạo xử lý, áp dụng các biện pháp để khắc phục những thiếu sót, sai phạm, vi phạm được nêu trong Kết luận thanh tra báo cáo kết quả thực hiện về Thanh tra tỉnh./.