Điều 53 Luật Thanh tra năm 2010 quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành như sau:

1. Trong quá trình thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra có nhiệm vụ, quyền hạn sau đây:

a) Tổ chức, chỉ đạo các thành viên Đoàn thanh tra thực hiện đúng nội dung quyết định thanh tra;

b) Kiến nghị với người ra quyết định thanh tra áp dụng biện pháp thuộc nhiệm vụ, quyền hạn của người ra quyết định thanh tra quy định tại Điều 55 của Luật Thanh tra để bảo đảm thực hiện nhiệm vụ được giao;

c) Yêu cầu đối tượng thanh tra xuất trình giấy phép, đăng ký kinh doanh, chứng chỉ hành nghề và cung cấp thông tin, tài liệu, báo cáo bằng văn bản, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra;

d) Lập biên bản về việc vi phạm của đối tượng thanh tra;

đ) Kiểm kê tài sản liên quan đến nội dung thanh tra của đối tượng thanh tra;

e) Yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân có thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra cung cấp thông tin, tài liệu đó;

g) Yêu cầu người có thẩm quyền tạm giữ tiền, đồ vật, giấy phép sử dụng trái pháp luật khi xét thấy cần ngăn chặn ngay việc vi phạm pháp luật hoặc để xác minh tình tiết làm chứng cứ cho việc kết luận, xử lý;

h) Quyết định niêm phong tài liệu của đối tượng thanh tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật;

i) Tạm đình chỉ hoặc kiến nghị người có thẩm quyền đình chỉ việc làm khi xét thấy việc làm đó gây thiệt hại nghiêm trọng đến lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân;

k) Kiến nghị người có thẩm quyền tạm đình chỉ việc thi hành quyết định kỷ luật, thuyên chuyển công tác, cho nghỉ hưu đối với người đang cộng tác với cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành hoặc đang là đối tượng thanh tra nếu xét thấy việc thi hành quyết định đó gây trở ngại cho việc thanh tra;

l) Yêu cầu tổ chức tín dụng nơi đối tượng thanh tra có tài khoản phong tỏa tài khoản đó để phục vụ việc thanh tra khi có căn cứ cho rằng đối tượng thanh tra có hành vi tẩu tán tài sản;

m) Xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính;

n) Báo cáo với người ra quyết định thanh tra về kết quả thanh tra và chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực, khách quan của báo cáo đó.

2. Khi xét thấy không cần thiết áp dụng biện pháp quy định tại các điểm g, h, i, k và l khoản 1 Điều này thì Trưởng đoàn thanh tra phải quyết định hoặc kiến nghị hủy bỏ ngay việc áp dụng biện pháp đó.

3. Khi thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại khoản 1 Điều này, Trưởng đoàn thanh tra phải chịu trách nhiệm trước người ra quyết định thanh tra và trước pháp luật về hành vi, quyết định của mình.